Die Geschichte des Unternehmens geht zurück auf die Gründung eines Schmiedebetriebes durch die Familie Markgraf im Jahr 1872. Historische Kernkompetenzen im Maschinenbau, der Landmaschinen, Stall-, Melk-, Gülle-, und Beregnungstechnik führten in den 1980er Jahren zum Aufbau des Bereichs Umwelttechnik. Das Ziel war die Entwicklung von Abwasserreinigungssystemen, die einen wesentlichen Beitrag zur Förderung der Kreislaufwirtschaft im Sinne der Agenda 21 leisten. Anfang der 1990er Jahre begann daher die Entwicklung der Pflanzenkläranlage mit einem Schlamm-Kompostier-System für private Haushalte bis 50 Einwohner.

Auf der Grundlage der gesammelten Erfahrungen, unter anderem im Umgang mit Klärschlamm, wurde 2004 die MUTEC-Markgraf GmbH gegründet. Gleichzeitig wurde die Produktpalette um technische Anlagen der Firma Rewatec erweitert. Die technischen Kläranlagen wurden, wie die Pflanzenkläranlagen, mit der Besonderheit eines optional integrierten Klärschlamm-Kompostier-Moduls für private Haushalte mit einer Reinigungsleistung bis 50 Einwohner angeboten.

2014 wurde damit begonnen, Speziallösungen zur Behandlung von Suspensionen zu entwickeln. Nachdem zunächst Klärschlämme von kommunalen Kläranlagen im Zentrum der Entwicklung standen, wurden nachfolgend auch Verfahren zur Behandlung von Industrieschlamm, Gülle und Gärresten aus Biogasanlagen entwickelt.